O Museu Quinta das Cruzes foi distinguido com uma menção honrosa atribuída pela Associação Portuguesa de Museologia (APOM), no âmbito dos Prémios APOM 2006, na categoria de «Melhor Catálogo», com a apresentação da candidatura do catálogo «Um Olhar do Porto – Uma Colecção de Artes Decorativas».

Decorreu na Bélgica o Festival Europalia. Europa 2007, numa edição dedicada à construção cultural da Europa, que acolheu os 27 países convidados da União Europeia.
No âmbito deste Festival realizou-se a Exposição Le Grand Atelier – Chenins de l’Art en Europe (Ve – XVIIIe siècle), onde figurou o retábulo flamengo do Museu Quinta das Cruzes, dedicado à Natividade, datado de meados do século XV.

Inaugurado no dia 15 de Junho de 2007, o Serviço de Cafetaria/Restaurante do Museu Quinta das Cruzes enquadra-se numa ampla intervenção que incluiu a construção e instalação do serviço de cafetaria, a construção de um módulo para exposição do Orquestrofone e a recuperação da antiga «casinha de prazeres».

O Orquestrofone é um instrumento de reprodução musical mecânico, que em finais do século XIX animava cinemas, feiras e salões de baile, por toda a Europa. Vocacionado para a exibição pública, este instrumento, agora exposto ao público pela 1.ª vez, encontra-se em espaço próprio edificado, nos jardins do Museu, onde continua a tocar cumprindo com a sua função original de instrumento de diversão e divulgação musical.

O Museu Quinta das Cruzes inaugurou, no passado dia 1 de Fevereiro, a exposição temporária “Uma Doação – Teresa e Altino Magalhães” que pretende dar a conhecer um conjunto de 33 pinturas que foram integradas no espólio do Museu, por doação do general Altino Pinto Magalhães.

O Museu Quinta das Cruzes encontra-se presente com cerca de trinta peças na exposição temporária “Obras de Referência dos Museus da Madeira”, a decorrer entre Abril e Dezembro de 2008, no Museu de Arte Sacra do Funchal.

Inseridos nas comemorações do Dia Internacional dos Museus, foram apresentados e já se encontram disponíveis para download, o n.º 5 do Boletim do Museu e o n.º 2 do Boletim Infantil.

Entre 16 e 18 de Maio de 2008 o Museu Quinta das Cruzes desenvolveu diversas iniciativas e actividades, inseridas nas comemorações da Noite dos Museus e Dia Internacional dos Museus.

O Museu Quinta das Cruzes reabriu as suas portas ao público no dia 14 de Julho de 2009 com uma imagem renovada e mais qualificada, permitindo uma fruição mais adequada e abrangente deste espaço, agora acessível a deficientes motores e pessoas com mobilidade reduzida.

Após um período de encerramento para obras de beneficiação, o Museu estará aberto e pronto a ser redescoberto pelos visitantes que poderão encontrar uma renovada exposição permanente, com novos núcleos e peças em exposição.